Κύρια αρμοδιότητα του ΠΤΑ/ΠΔΜ είναι η διαχείριση των πιστώσεων του Π.Δ.Ε. Το συγχρηματοδοτούμενο Π.Δ.Ε. περιλαμβάνει έργα τα οποία υλοποιούνται στο πλαίσιο των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων και των Κοινοτικών Πρωτοβουλιών και συγχρηματοδοτούνται από τα Ευρωπαϊκά Ταμεία.